基于新型冠状病毒肺炎的实验室分子诊断及生物安全刍识
摘要
关键词
新型冠状病毒肺炎; 实验室分子诊断;生物安全
正文
2020年1月12日,世界卫生组织(who)正式命名了由武汉肺炎引起的新冠状病毒,将其称之为2019-nCoV。根据目前掌握的新冠病毒的生物学特性、流行病学特征、致病性、临床表现和医学检查等信息,根据医院微生物对第二类医院微生物的损害程度进行管理。采用实时荧光RT-PCR法对19例冠状病毒感染患者的呼吸卫生和血液样本进行检测,并以冠状病毒19为标准进行培养和病毒基因高动员试验。随着传染病的发生和传播,临床实验室随着临床实践的需要,发展了新型冠状病毒核酸检测方法。实时荧光PCR(RT-qPCR)和恒温放大技术快速卡片式荧光PCR技术已在日本相继发布了各种核酸检测试剂盒。RT-qPCR是SARS-cov-2核酸检测的主流方法。随着分子诊断技术的广泛发展,人们对SARS-cov-2实验室分子诊断的敏感性和特异性以及实验室的生物安全性进行了研究。进一步规范检测技术,保障实验室的生物安全,是确保鼠疫防控的前提和保证。结合2019冠状病毒疾病、埃博拉出血热、COVID-19等工作经验,从多年的实验室工作经验出发,从以下几个方面系统地进行了研究,为临床实验室病原体核酸检测及机体安全性提供参考。
1. 病例定义
1.1 疑似病例
疑似病例大多是流行病学史,如发病前14天内的高危地区或向社区居民或旅行社报告的其他病例。在发病前14天内,他与sars-cov-2阳性检测者有过直接接触。在发病前14天内,高危地区或其他病例接触到报告社区发热或呼吸道感染症状的患者。疑似病例可进行流行病学会诊,结合临床表现进行综合分析。临床表现主要包括发热或呼吸道感染。它具有2019冠状病毒疾病的影像学特征。白细胞系数正常或下降,淋巴细胞系数下降。在上述流行病学史中,1项和2项符合临床表现的人可被归类为疑似病例。
1.2 确诊病例
根据实验室分子诊断的病因学证据,诊断为sars-cov-2核酸阳性的患者可以被诊断为确诊病例。实验室分子诊断主要包括RT-qPCR检测sars-cov-2核酸阳性。病毒基因检测的结果与已知的sars-cov-2非常相似。收集除擦喉外的其他体液和分泌物,检测病毒核酸,结果呈阳性目前,RT-qPCR检测病毒核酸是实验室确认的最佳方法。血清sars-cov-2特异性IgM抗体和IgG抗体阳性也是致病性证据,可以有效提高病毒核酸的检测。
1.3 可能 病 例
除了确诊病例和疑似病例的定义外,从实验室诊断的角度,笔者建议需要设置可能病例。可能病例可定义为有明确流行病学史和临床症状,但 RT-qPCR 检测结果阴性。
2. 临床实验室检测
2019冠状病毒疾病的流行尚需进一步研究,为了更好地开展核酸检测,医疗机构临床实验室应在保证临床安全性和检测质量的前提下,进行RT-qPCR检测。RT-qPCR核酸检测的适应性如下。(1) 用于诊断疑似患者。(2)与流行病学家一起筛查人群。(3) 对发热、社区获得性肺炎和急性呼吸困难综合征患者进行鉴别诊断。同时,实验室还应检测流感病毒、副流感病毒、呼吸道合胞病毒等呼吸道相关病原体,但不应因检测项目增加而延误sars-cov-2的及时检测。
2.1 标本类型和标本采集
检测sars-cov-2的样本类型包括呼吸道样本、血液样本和消化器官样本。呼吸道标本包括非喉拭子、口腔拭子、非喉提取物、深咳痰、支气管灌流液、肺泡灌流液等。对于sars-cov-2引起的下呼吸道感染、深痰、支气管、,肺泡液和其他下呼吸道样本是核酸检查的首选。
2.2 标本的包装与运输
对于医疗机构的内部运送,可采用双层包装系统。所有标本必须先用带螺旋盖的防漏塑料主容器包装,并用75%乙醇擦拭消毒容器表面,再用可重复、密封、抗压的二次容器包装,消毒后安全运送至实验室。对于机构外的运送,则必须按照生物安全的需要,使用三重包装系统的生物安全运送箱;一重包装与医院内部运送相似,所有标本必须用双层容器包装;二重包装容器中应装有相关的信息表,如申请表格或三重包装容器中的信息表格;每重包装都需严格消毒,防止对外部环境及人员的污染。RNA 标本应储存在-70℃或更低的温度中。
2.4 SARS-CoV-2的分子检测及结果判读
建议使用RT-qPCR对SARS-CoV-2的RNA进行分子检测。推荐选用SARS-CoV-2的开放读码框1ab(ORF1ab)、核壳蛋白(N)及包膜蛋白(E)基因作为检测靶标,并提供阳性对照和内标。核酸检测结果阴性不能排除SARS-CoV-2感染,需要排除可能产生假阴性的因素,包括标本质量差,标本采集得过早或过晚,没有正确的保存、运输和处理标本,技术本身存在的原因,如病毒变异、PCR抑制等。若有明确接触史的病例出现多次阴性结果,且不应排除 SARS-CoV-2感染时,应通过采集其他部位的标本(特别是下呼吸道标本)来进一步检测。
3 实验室生物安全
对于疑似、确诊或可能病例的临床标本,诊断工作和 RT-qPCR 检测应在具有BSL-2设施的临床实验室进行。按照《新型冠状病毒肺炎实验室检测技术指南》要求,应穿戴适当的个人防护装备,所有技术程序都应在现有认证的Ⅱ类生物安全柜中进行,尽量减少气溶胶和液滴的形成[1]。完成检测工作后,用75%的乙醇消毒工作空间,去除所有个人防护用品。此外,为了防止检测过程中的污染,为实验室工作人员提供一个安全的环境,应考虑包括实验室布局、检测流程和生物安全设施等问题。
综上,实验室分子诊断对于新冠病毒肺炎流行期间疾病的诊断和密切接触者的控制尤为重要。各临床实验室要积极制定防控新冠肺炎等新疫情引发公共卫生事件的应对措施,进一步提高实验室分子诊断能力和生物安全建设。
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